Basierend auf den Ergebnissen des Verbundvorhabens soll ein neues Artenschutzkonzept für stark fragmentierte, gefährdete Arten erarbeitet werden. Am Beispiel der Flussperlmuschel (Margaritifera margaritifera) und der Malermuschel (Unio pictorum) sollen regionale Schutzmaßnahmen mit Modellcharakter in ausgewählten Regionen Deutschlands umgesetzt und in die Entwicklung eines überregionalen Artenschutzkonzeptes eingebunden werden. Als Teil des neuen Artenschutzkonzeptes wird das Instrument des „halbnatürlichen Populationsverbundes“ entwickelt, um die Konnektivität und damit eine höhere genetische Diversität der aktuell stark fragmentierten und genetisch verarmten Restpopulationen der Flussmuscheln wiederherzustellen. Das Konzept wird außerdem die möglichen Auswirkungen des globalen Wandels (z.B. Klimaerwärmung, Landnutzungsänderungen, Einwanderung invasiver Arten) für die Flussmuscheln berücksichtigen.

Die im Verbundvorhaben erarbeiteten Kenntnisse für die Identifikation und ggf. Schaffung funktioneller Teilabschnitte und von Richtlinien zur langfristigen Wiederherstellung eines Populations-/Biotopverbundes können im Zuge der Umsetzung von FFH-Managementplänen und der EU-WRRL eingesetzt werden. Alle Ergebnisse werden im neuen Artenschutzkonzept zusammengefasst und allen Interessenten zugänglich gemacht.

Das Artenschutzkonzept ist in modifizierter Form auch für andere sensitive Arten anwendbar, um deren Habitate zu schützen. Die notwendige Verbesserung der landwirtschaftlichen Flächennutzung wird langfristig zur Sicherung bedeutender ökologischer Funktionen – hier speziell von Fließgewässern - beitragen und indirekt die Biodiversität angrenzender terrestrischer Ökosysteme (Biotopverbund, Trittsteinbiotope etc.) positiv beeinflussen.